Ngày 1 tháng 6, năm 1479, nhân ngày sinh nhật của Vương phi Doãn thị, nhà vua ghé lại nơi bà ở. Khi cơn ghen tuông lên tới cực điểm, Doãn thị đã vô tình làm Thành Tông bị thương và để lại một vết sẹo trên má ông, mặc dù ông rất cố gắng che giấu, nhưng Đại phi vẫn phát hiện ra và ra lệnh điều tra. Ngày hôm sau, bà bị phế truất làm thứ nhân (dân thường)[3] và bị đuổi khỏi vương cung. Tình hình còn trở nên tồi tệ hơn khi ngày 12 tháng 6 năm đó, người con trai bé do bà sinh hạ cũng chết[4]. Tháng 11 năm sau, Thành Tông lập người cùng nhập cung một ngày với bà là Thục nghi Doãn thị (tức Trinh Hiển Vương hậu) làm Vương phi. Như thế hy vọng khôi phục Vương vị của bà đã tan biến.

Mặc dù bà đã bị phế làm thứ nhân, nhưng Thành Tông vẫn lo sợ sau khi mình chết thì bà với tư cách là mẹ đẻ của vị vua mới sẽ gây ra nhiều điều nguy hại cho xã tắc. Ngày 16 tháng 8, năm 1482, nhà vua quyết định sai Tả thừa chỉ Lý Thế Tá (李世佐) tới nhà riêng của bà để ban chết cho bà bằng thuốc độc. Tuy vậy vào năm 1489, Thành Tông vẫn ban chiếu chỉ cho bà được hưởng các nghi lễ cúng tế dành cho phi tần[5]. Năm sau, con trai bà Lý Long được phong làm Thế tử.

Năm 1494, Thế tử Lý Long kế vị sau khi Thành Tông qua đời, tức Yên Sơn Quân. Nhà vua kế vị mà không biết bất cứ một chuyện gì về cái chết của mẹ mình. Sau này, một số đại thần thất sủng đã cho ông biết sự thật. Vì căm hận những người gây nên cái chết của bà, Yên Sơn Quân trực tiếp ra lệnh thực hiện hai cuộc thanh trừng nho sĩ lớn nhất Mậu Ngọ sĩ họa (Muo Sahwa, 무오사화) và Giáp Tý sĩ họa (Kapcha Sahwa, 갑자사화), để trả thù cho mẹ mình. Ông ra lệnh sát hại hai vị hậu cung của tiên vương là Nghiêm quý nhân và Trịnh quý nhân, vì cho rằng 2 người là một trong những chủ mưu sát hại mẹ của mình, thậm chí ông còn cố ý xông vào nội điện của Nhân Túy đại vương đại phi, buông lời hỗn xược và bắt đi một số cung nhân hầu hạ bên cạnh Đại vương đại phi vì cho rằng họ đã giúp bà trong việc phế truất mẹ ông, khiến Đại vương đại phi tức giận và trở bệnh, qua đời vào năm 1504. Đức vua còn có ý giết hại đích mẫu Trinh Hiển vương hậu, nhưng do Vương phi Thận thị, chính thất của ông, kịp thời ngăn cản. Việc ông trở thành một bạo chúa và cái chết của Phế chúa Yên Sơn phần lớn từ nguyên nhân cái chết của bà.

Năm 1504, Yên Sơn Quân truy phong Doãn thị là Tề Hiến vương hậu (齊獻王后). Năm 1506, đời vua Trung Tông, tước hiệu của bà bị phế bỏ. Mộ phần của bà hiện nay là Tây Tam lăng (西三陵), ở Goyang, tỉnh Gyeonggi.